영세율 거래에 대하여 일반 세금계산서 발급시 처리 방법

세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우「부가가치세법 시행령」제70조에 따라 수정발급 가능하며 영세율 거래에 대하여 일반 세금계산서를 발급받은 경우 해당 용역등을 면세사업에 사용하는 경우에는「부가가치세법」제39조에 따라 매입세액은 불공제되는 것임

[회신] 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우「부가가치세법 시행령」제70조에 따라 수정발급 가능하며 영세율 거래에 대하여 일반 세금계산서를 발급받은 경우 해당 용역등을 면세사업에 사용하는 경우에는「부가가치세법」제39조에 따라 매입세액은 불공제되는 것입니다. 이와 관련하여 기존해석사례(기재부 부가-747, 2011.11.28.)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다. ○ 기획재정부 부가가치세제과-747, 2011.11.28 사업자가「부가가치세법 시행령」제24조 제2항 제1호에 따라 영세율을 적용할 수 있는 거래에 대해 「부가가치세법」제16조에 따라 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준 등을 신고ㆍ납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우에는 「부가가치세법」제22조 제2항 제1호의 가산세 부과대상인 사실과 다른 경우에 해당하지 아니하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 당사는 철도전기분야 시공사로서 2015년 한국철도시설공단에 수도권 고속철도 수서~동탄간 신호설비 신설공사용역을 제공함 - 조세특례제한법 제105조 에서 한국철도시설공단에 직접 공급하는 도시 철도 건설용역에 대하여는 부가가치세 영세율을 적용하도록 하고 있음 - 당사는 영세율 적용 대상인 사실을 인지하지 못하여 한국철도시설공단에 부가가치세액을 별도로 적은 세금계산서를 교부하고 관련 부가가치세를 납부하였으며 한국철도시설공단은 매입세액공제를 받음 2. 질의내용 ○ 한국철도시설공단은 영세율 적용 대상인 도시철도 건설용역에 대하여 일반세금계산서를 교부 받은 경우에도 매입세액공제가 가능한지 - 일반세금계산서를 받은 경우 가산세 불이익이 있는지 - 한국철도시설공단은 영세율 세금계산서를 다시 발급받아 수정신고하 여야 하는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역 가. 국가 및 지방자치단체 나. 「도시철도법」의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 따라 도시철도를 건설할 수 있는 경우로 한정한다) 다. 「한국철도시설공단법」에 따른 한국철도시설공단 라. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제7호 에 따른 사업시행자 ○ 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서 는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. 9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 ○ 기획재정부 부가가치세제과-747, 2011.11.28 사업자가 「부가가치세법 시행령」제24조 제2항 제1호에 따라 영세율을 적용할 수 있는 거래에 대해 「부가가치세법」제16조에 따라 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준 등을 신고ㆍ납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우에는 「부가가치세법」제22조 제2항 제1호의 가산세 부과대상인 사실과 다른 경우에 해당하지 아니하는 것입니다.